Mais le débarquement américain en Afrique du Nord et l’invasion allemande de la zone dite libre, ainsi que le sabordage de la Flotte à Toulon font que le jeune homme prend la résolution de rejoindre l’Angleterre et la France Libre, via l’Espagne. Seulement, lors de son périple, en avril 1943, il est arrêté par la Guardia Civil et mis en prison. Libéré grâce à la Croix-Rouge, il finit par arriver à Casablanca Maroc, d’où il embarque à bord d’un navire britannique.
En Angleterre, incorporé au sein des Forces navales françaises libres FNFL à la caserne Bir Hakeim, Jean Masson fait le choix de servir dans les rangs du 1er Bataillon de Fusiliers-Marins – Commandos BFM-C. Il est alors affecté à Wrexham pour y suivre un entraînement intensif sous les ordres du lieutenant Pierre Amaury. Puis, il rejoint la « No.1 French Troop » et la section de l’officier des équipages de 2e classe Jean Pinelli.
C’est ainsi qu’il fera partie des 177 commandos français qui poseront le pied sur une plage normande le 6 juin 1944. Mais, ce jour-là, il est gravement touché par les éclats d’un obus de mortier. Il est même pour mort sur le champ de bataille, avant d’être finalement évacué vers l’Angleterre. Après trois mois de convalescence, Jean Masson prend part au débarquement de Flessingue Pays-Bas, puis à la campagne d’Allemagne. Il sera ensuite démobilisé en octobre 1945.
Selon la page « Facebook » dédiée au commandant Philippe Kieffer, il ne reste plus que trois survivants du commando « Kieffer » : Jean Morel, Hubert Faure et Léon Gautier.
